De acordo com seu Regimento Interno, o Iasep conta com dois órgãos colegiados: o Conselho de Administração (CONAD) e o Conselho Fiscal (CONFIS). 

Ao CONAD, competem as atribuições de acompanhar as políticas e atividades do Iasep, aprovar plano anual de trabalho e proposta orçamentária, entre outras. É composto por: 

 I - Secretário de Estado de Administração;

II - Secretário de Estado de Governo;

III - Secretário de Estado da Fazenda;

IV - Secretário de Estado de Planejamento, Orçamento e Finanças;

V - Presidente do IASEP;

VI - um representante da Assembleia Legislativa;

VII - um representante do Tribunal de Justiça do Estado;

VIII - um representante dos servidores ativos civis inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações ou sindicatos;

IX - um representante dos militares ativos inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações;

X - um representante dos servidores inativos inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações ou sindicatos;

XI - um representante dos pensionistas inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações ou sindicatos. 

Já o CONFIS é responsável por examinar balancetes e demonstrações contábeis, acompanhar a execução financeira, fiscal e orçamentária, entre outras funções. É composto por representantes:

I- do Governo do Estado;

II - do IASEP;

III - do Tribunal de Justiça do Estado;

IV - dos aposentados do Estado;

V - dos servidores civis ativos;

VI - dos militares ativos.