De acordo com seu Regimento Interno, o Iasep conta com dois órgãos colegiados: o Conselho de Administração (CONAD) e o Conselho Fiscal (CONFIS).
Ao CONAD, competem as atribuições de acompanhar as políticas e atividades do Iasep, aprovar plano anual de trabalho e proposta orçamentária, entre outras. É composto por:
I - Secretário de Estado de Administração;
II - Secretário de Estado de Governo;
III - Secretário de Estado da Fazenda;
IV - Secretário de Estado de Planejamento, Orçamento e Finanças;
V - Presidente do IASEP;
VI - um representante da Assembleia Legislativa;
VII - um representante do Tribunal de Justiça do Estado;
VIII - um representante dos servidores ativos civis inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações ou sindicatos;
IX - um representante dos militares ativos inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações;
X - um representante dos servidores inativos inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações ou sindicatos;
XI - um representante dos pensionistas inscritos no Plano Assist, indicado pelas suas associações ou sindicatos.
Já o CONFIS é responsável por examinar balancetes e demonstrações contábeis, acompanhar a execução financeira, fiscal e orçamentária, entre outras funções. É composto por representantes:
I- do Governo do Estado;
II - do IASEP;
III - do Tribunal de Justiça do Estado;
IV - dos aposentados do Estado;
V - dos servidores civis ativos;
VI - dos militares ativos.